醫指付上線醫療機構如下，未來會有更多醫療機構加入醫指付的行列，期待能帶給您更便利的行動生活！
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- 長庚醫療體系(10家)：基隆長庚醫院、台北長庚醫院、林口長庚醫院、桃園長庚醫院、雲林長庚醫院、嘉義長庚醫院、高雄長庚醫院、高雄市立鳳山醫院、新北市立土城醫院、長庚診所
- 馬偕醫療體系(4家)：淡水馬偕醫院、台北馬偕醫院、新竹馬偕醫院、台東馬偕醫院
- 中國醫藥大學體系(4家)：中國醫藥大學附設醫院、中國醫藥大學北港附設醫院、中國醫藥大學新竹附設醫院、台南市立安南醫院
- 彰基醫療體系(9家)：彰化基督教醫院、員林基督教醫院、鹿港基督教醫院、二林基督教醫院、雲林基督教醫院、台東基督教醫院、漢銘基督教醫院、南投基督教醫院、華仁愛產後護理之家
- 高醫醫療體系(4家)：高雄醫學大學附設中和紀念醫院、高雄市立小港醫院、高雄市立大同醫院、高雄市立旗津醫院
- 義大醫療體系(3家)：義大醫院、義大大昌醫院、義大癌治療醫院
- 慈濟醫療體系(2家)：花蓮慈濟醫院、台北慈濟醫院
- 國泰醫療體系(2家)：國泰綜合醫院、新竹國泰綜合醫院
- 北部地區(16家)：新光吳火獅紀念醫院、敏盛醫院、恩主公醫院、亞東紀念醫院、臺北醫學大學附設醫院、羅東博愛醫院、怡仁綜合醫院、天主教輔仁大學附設醫院、聖保祿醫院、衛生福利部雙和醫院、東元綜合醫院、大千綜合醫院、振興醫院、台北婦產科診所、松仁婦產科診所、艾爾瑪國際產後護理之家
- 中部地區(6家)：童綜合醫院、光田綜合醫院、埔里基督教醫院、中山醫學大學附設醫院、員榮醫院、員生醫院
- 南部地區(10家)：阮綜合醫院、聖馬爾定醫院、嘉義基督教醫院、高雄市立凱旋醫院、屏東基督教醫院、聖功醫院(含聖功護理之家、聖功產後護理之家)、恆春基督教醫院、建佑醫院、枋寮醫院、東港安泰醫院
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- 諾貝爾醫療體系(5家)：敦南諾貝爾眼科診所、台北諾貝爾眼科診所、南港諾貝爾眼科診所、板橋諾貝爾眼科診所、忠孝美麗爾診所
- 北部地區(25家)：秀傳醫院、新北仁康醫院(含附設護理之家)、竹仁婦幼診所、元和雅整形外科診所、好心肝診所、遠見眼科診所、中山璀璨診所、采欣診所、萌髮診所、心悅牙醫診所、里昂哈佛仁愛牙醫診所、蒔堤牙醫診所、美迪婦產科診所、送子鳥診所、送子鳥11診所、汭恩產後護理之家、沁月產後護理之家、馥御產後護理之家、幸福城堡產後護理之家、新禾產後護理之家、尚順產後護理之家、麗格產後護理之家、育生產後護理之家、環球敦品產後護理之家
- 中部地區(8家)：欣向美牙醫診所、丁鴻志婦產科診所、大新婦產科診所、寶月產後護理之家、麗馨產後護理之家、臻之月產後護理之家、生活牙醫診所(台中)、生活牙醫診所(竹山)
- 南部地區(1家)：博愛美診所
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